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是一套用于模拟大分子结构的综合软件,具有灵活、多用途的应用。包括蛋白质和核酸的结构预测、设计以及重塑。Rosetta的web服务器已经运行了数十亿的结构预测和蛋白质设计模拟,研究人员利用Rosetta可以更好地了解传染病、癌症和自身免疫性疾病的治疗方法,进一步应用于包括开发疫苗、新材料、靶向蛋白粘合剂和酶设计等。
近年来,利用高性能计算机来进行药物虚拟筛选已经被广泛应用,计算机辅助药物设计可以提高药物研发的成功率,降低研发成本,缩短研发周期,是目前创新药物研究的核心技术之一。随着医药大数据的积累和人工智能技术的发展,运用AI技术并结合大数据的精准药物设计也不断推动着创新药物的发展。
应新老客户的培训需求,特举办“计算机辅助药物设计及分子动力学技术与应用”系列专题培训班,本次培训主办方为北京软研国际信息技术研究院,承办方为互动派(北京)教育科技有限公司,具体相关事宜通知如下:
教学目标:能够使用vim编辑器简单编辑文件,能够使用PyMOL或ChimeraX查看蛋白质结构。
教学目标:熟悉Rosetta开发流程,了解序列与结构设计原理,完成从头蛋白质设计的操作练习。
Rosetta专题讲师:由国家双一流、985高校特聘研究员、博士生导师讲授。近五年发表SCI研究论文20余篇,获国际生物设计会议奖励(The International BioDesign Research Conference)。主持基金委蛋白质设计相关项目和科技部重点研发计划课题多项。主要擅长分子设计、分子模拟方法研究。
NAMD专题讲师:来自国家“双一流”建设高校,“211’工程。拥有近10年丰富的NAMD使用经验。以第一/通讯作者在《ACS advanced materials & interface》等国际top期刊发表论文数十篇。擅长领域:蛋白质分子动力学,蛋白质纳米材料相互作用机制,蛋白质测序等。
AMBER专题讲师:山东省重点高校特聘教授、省优青团队人员,研究团队在国际知名期刊发表SCI论文50余篇。其中以第一作者发表的两篇JACS属于本领域顶级TOP期刊(一区论文,IF: 14.612)。主持国家自然科学基金及省部级课题多项。主要从事生物分子量化计算和分子动力学模拟研究,在动力学模拟、量化计算、结合自由能计算等积累了丰富的经验。
CADD专题讲师:由全国重点大学、国家“双一流”、“211工程”重点建设医药类高校副教授,硕士生导师讲授。发表SCI研究论文20余篇,主持和参与国家级、省部级自然科学基金项目多项。拥有多年新药分子设计和开发经验,主要擅长CADD、AIDD等药物设计方法研究。
1、本次系列课程共四个专题,专题一采用北京线下授课的形式,面对面教学,与老师及时进行沟通。专题二、专题三、专题四采用在线直播的形式,所有专题均建立永不解散的课程群,长期互动答疑,学员学完后可以继续与专业老师同学交流问题,巩固学习内容,从而更好地满足学员不同方面的论文及实际科研工作需求;
2clash中文客户端、专题一课程以Rosetta软件为基础,以实例讲授和练习为主。依次讲授Rosetta软件基础、蛋白质结构viewer、结构扰动与结构优化、蛋白质复合物预测、抗体抗原模型处理与对接、SSD和MSD设计、 CartisenDDG 突变扫描、Rosetta开发流程、序列与结构设计、从头蛋白质设计等的操作等多个内容。
3、专题二课程以NAMD软件为基础,以实例讲授和练习为主。从MD模拟流程、恒速/恒力拉伸动力学、基于伞形抽样的自由能计算、沿着反应坐标的自由能计算到深层的NAMD在生物技术计算中的应用与材料计算中的应用等。
4、专题三课程从AMBER程序入门学会编译方法,安装自己的AMBER可执行程序开始,依次讲授研究对象模型的获取与构建-体系预处理、能量优化、分子动力学模拟结果评估、结合自由能计算、相互作用机理分析、可视化、轨迹特征获取,并对经典文献进行复现分析等。
5、专题四课程带您一步步实操学习蛋白结构分析、同源建模、虚拟筛选、分子对接(半柔性、柔性对接、蛋白-蛋白、蛋白-多肽、酶蛋白-配体、核酸-小分子、共价对接)、药效团模型、定量构效关系、碎片化药物设计、Gromacs 分子动力学模拟与结果分析,并以实例讲解与练习为主,达到即学即用效果,帮助学员系统掌握计算机辅助药物设计技术,助力学术研究;
5. 参加培训并通过考试的学员,可以获得:北京软研国际信息技术研究院培训中心颁发的《计算机辅助药物设计与应用工程师》、《从头蛋白抗体设计及在药物研发中的应用工程师》、《分子动力学应用工程师》专业技能结业证书;